Tên đề tài: Nghiên cứu đặc điểm kháng kháng sinh, gen kháng kháng sinh và gen bám dính của các chủng Helicobacter pylori phân lập từ bệnh nhân có bệnh lý dạ dày.
Chuyên ngành: Truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới; Mã số: 9720109
Nghiên cứu sinh: Bùi Thanh Thuyết
Người hướng dẫn khoa học:
1. PGS.TS Phan Quốc Hoàn
2. TS Trần Thị Huyền Trang
Cơ sở đào tạo: Viện Nghiên cứu Khoa học Y Dược Lâm sàng 108
Những kết luận mới của luận án:
- Luận án cung cấp dữ liệu cập nhật trên 350 chủng H. pylori phân lập tại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 giai đoạn 2019-2022. Tỷ lệ kháng clarithromycin, metronidazol, levofloxacin, amoxicillin và tetracyclin lần lượt là 44,6%; 44,0%; 33,4%; 30,6% và 9,1%; 82,0% chủng kháng ít nhất một kháng sinh và 20,3% đa kháng từ ba kháng sinh trở lên. Kết quả bổ sung cơ sở dữ liệu tại chỗ có giá trị cho giám sát kháng thuốc và lựa chọn phác đồ điều trị.
- Nghiên cứu làm rõ mối liên quan kiểu gen - kiểu hình kháng thuốc: các biến đổi A2143G, G2212A, A2223G, C2288T và A2302G trên 23S rRNA liên quan kháng clarithromycin; N87K/I, D91G/Y/N và R140K trên gyrA liên quan độc lập với kháng levofloxacin; F366L và S414R trên pbp1 liên quan tăng nguy cơ kháng amoxicillin, trong khi D508N/E/K liên quan giảm nguy cơ kháng. Đối với metronidazol, kết quả cho thấy cơ chế kháng phức tạp, đa gen và không thể giải thích đầy đủ bằng một biến đổi đơn lẻ trên frxA.
- Lần đầu tiên tại Việt Nam, nghiên cứu khảo sát đồng thời các gen bám dính babA, homA và homB trong mối liên quan với bệnh lý dạ dày và kháng kháng sinh. Gen babA được phát hiện ở 73,7% số chủng và liên quan với loét dạ dày; sau phân tích đa biến, homA và homB liên quan độc lập với kiểu hình kháng amoxicillin.
- Bước đầu ứng dụng giải trình tự toàn bộ hệ gen trên 9 chủng đại diện cho các kiểu hình kháng khác nhau, cho phép phân tích đồng thời biến thể kháng thuốc, yếu tố độc lực và đặc điểm dịch tễ học phân tử. Nghiên cứu phát hiện ba sequence type mới ST4511, ST4512 và ST4513, đã được đăng ký trên các cơ sở dữ liệu quốc tế, góp phần bổ sung dữ liệu về tính đa dạng di truyền của H. pylori tại Việt Nam và tạo tiền đề cho các nghiên cứu hệ gen quy mô lớn hơn.
SUMMARY OF THE NOVEL CONTRIBUTIONS OF THE DOCTORAL DISSERTATION
Dissertation title: Characteristics of Antimicrobial Resistance, Antimicrobial Resistance-Associated Genes, and Adhesion Genes in Helicobacter pylori Strains Isolated from Patients with Gastric Diseases.
Specialty: Infectious and Tropical Diseases; Code: 9720109
Doctoral candidate: Bui Thanh Thuyet
Scientific supervisors:
1. Assoc. Prof. Phan Quoc Hoan
2. Dr. Tran Thi Huyen Trang
Training institution: 108 Institute of Clinical Medical and Pharmaceutical Sciences
Novel contributions of the dissertation:
- The dissertation provides updated local data on antimicrobial resistance in 350 H. pylori isolates collected at 108 Military Central Hospital during 2019-2022. Resistance rates to clarithromycin, metronidazole, levofloxacin, amoxicillin, and tetracycline were 44.6%, 44.0%, 33.4%, 30.6%, and 9.1%, respectively. Overall, 82.0% of isolates were resistant to at least one antibiotic, and 20.3% were resistant to three or more of the five antibiotics tested. These findings provide clinically relevant evidence for local resistance surveillance and treatment selection.
- The study further defines genotype-phenotype associations underlying antimicrobial resistance. The 23S rRNA variants A2143G, G2212A, A2223G, C2288T, and A2302G were independently associated with clarithromycin resistance. N87K/I, D91G/Y/N, and R140K in gyrA were independently associated with levofloxacin resistance. F366L and S414R in pbp1 were independently associated with higher odds of amoxicillin resistance, whereas D508N/E/K was associated with lower odds. In contrast, metronidazole resistance appeared complex and multigenic and could not be adequately explained by a single frxA variant.
- The study provides the first concurrent assessment in Vietnam of the adhesion genes babA, homA, and homB in relation to gastric diseases and antimicrobial resistance. babA was detected in 73.7% of isolates and was associated with gastric ulcer. Multivariable analysis showed that homA and homB were independently associated with amoxicillin resistance.
- Whole-genome sequencing (WGS) was performed on nine purposively selected isolates representing different resistance phenotypes, enabling integrated characterization of resistance-associated variants, virulence factors, and molecular epidemiological features. Three novel multilocus sequence types - ST4511, ST4512, and ST4513 - were identified and registered in international databases. These findings expand genomic and molecular epidemiological data on H. pylori in Vietnam and provide a foundation for larger-scale genomic studies.